Centrul ca persoană juridică, deţine conturi trezoreriale de decontare, cont special, cont al serviciilor cu plată, dispune de ştampilă cu Stema de Stat a Republicii Moldova şi denumirea ei în limba de stat.
Centrul este finanţat din contul mijloacelor bugetare conform devizelor de cheltuieli aprobate de Ministerul Sănătăţii.
Sursele suplimentare de finanţare ale Centrului sunt:
a) mijloacele încasate de la întreprinderi, organizaţii, gospodării, asociaţii, cooperative indiferent de forma de proprietate şi populaţie pentru lucrările efectuate în bază de contract, inclusiv autorizarea sanitară de funcţionare a unităţilor economice, certificarea sanitară a produselor, diagnosticul de laborator şi cercetările ştiinţifico-practice efectuate în conformitate cu legislaţia în vigoare şi mijloacelor obţinute de la spaţiile date în arendă;
b) mijloacele obţinute în urma efectuării lucrărilor de dezinfecţie, dezinsecţie şi deratizare.
c) mijloacele încasate pentru asistenţa consultativă a persoanelor fizice şi juridice.
d) mijloacele obţinute în rezultatul desfăşurării activităţii metodice de instruire, activităţii de editare şi alocaţii din sponsorizări.
e) mijloacele încasate în calitate de compensare a cheltuielilor de la persoanele fizice şi juridice, vinovate de apariţia bolilor, infecţiilor, intoxicaţiilor în masă a oamenilor.
Mijloace financiare neachitate în decursul anului rămân pe contul Centrului şi nu se supun retragerii, dacă legislaţia în domeniu nu stabileşte altfel.